Zemiaky sú hospodársky významná plodina a ich úspešné pestovanie je často ohrozené rôznymi chorobami a škodcami. Jednou z vážnych chorôb je baktériová krúžkovitosť zemiaka, spôsobená baktériou Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus. Táto choroba môže spôsobiť značné straty na úrode a preto je dôležité poznať jej charakteristické znaky, spôsoby šírenia a možnosti prevencie a kontroly.
Identifikácia a detekcia Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus
Na detekciu a identifikáciu Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus sa používajú rôzne metódy, ktoré sú špecifikované v prílohách nariadení Ministerstva pôdohospodárstva Slovenskej republiky. Tieto metódy zahŕňajú laboratórne testy, ktoré musia spĺňať prísne požiadavky. Medzi základné postupy patrí:
- Skríningové testy: Vykonáva sa najmenej jeden skríningový test. Ak je tento test negatívny, vzorka sa považuje za negatívnu. V prípade pozitívneho výsledku sa vykonajú ďalšie testy na potvrdenie prítomnosti patogénu.
- IF test (imunofluorescenčný test): Pozitívna reakcia na IF test vyžaduje pokračovanie v testovaní podľa schémy.
- Izolácia a potvrdenie: V prípade podozrivých príznakov baktériovej krúžkovitosti zemiaka sa vykoná izolácia a potvrdenie čistej kultúry Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus.
Príprava materiálu potrebného na testy je podrobne opísaná v dodatkoch príslušných príloh. Dôležité je overiť prvý pozitívny výsledok opakovanými testami. Ak sú opakované testy negatívne, vzorka sa považuje za negatívnu.
Príznaky baktériovej krúžkovitosti zemiaka
Príznaky baktériovej krúžkovitosti zemiaka sa môžu líšiť v závislosti od štádia infekcie a podmienok prostredia. Medzi najčastejšie príznaky patria:
- Na listoch: Spočiatku sa objavujú vädnutia a chlorózy na okrajoch listov. Interkostálne oblasti listov môžu mať chlorotické, žlté až oranžové sfarbenie. V pokročilých štádiách môžu listy a stonky odumrieť.
- Na hľuzách: Typickým príznakom je zmäknuté okolie cievneho systému, najmä v blízkosti pupkového konca hľuzy. Pri stlačení hľuzy sa môže objaviť výlučok obsahujúci milióny baktérií. Cievne pletivo hľuzy môže vykazovať hnednutie, ktoré sa môže rozšíriť na celý prstenec.
Je dôležité rozlišovať príznaky baktériovej krúžkovitosti od príznakov iných chorôb, starnutia alebo mechanického poškodenia.
Prečítajte si tiež: Všetko o sacharidoch
Odber vzoriek a príprava extraktov
Štandardná veľkosť vzorky je 200 hľúz na každý test. Správny odber vzoriek je kľúčový pre presné výsledky testovania. Postup odberu a prípravy vzoriek zahŕňa:
- Odber hľúz: Odstráni sa šupka hľuzy na jej pupkovom konci, aby bolo vidieť cievne pletivo. Hľuzy sa narežú pri pupkovom konci.
- Čistenie a dezinfekcia: Pracovné priestory a nástroje sa dôkladne vyčistia a dezinfikujú pomocou chlórových zlúčenín.
- Homogenizácia: Vzorky sa homogenizujú pomocou mixéra a prenesú sa do maceračného vrecúška.
- Extrakcia: Dekantuje sa supernatant. Použije sa 500 mikrol na test pre Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus, 500 mikrol na test pre Ralstonia solanacearum a 500 mikrol na archiváciu.
- Skladovanie: Alikvoty sa skladujú pri teplote -68 až -86 stupňov C (niekoľko mesiacov).
Pri spracovaní vzoriek je potrebné zabrániť akejkoľvek kontaminácii.
Imunofluorescenčný test (IF)
IF test je skríningový test na detekciu Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus. Používa sa polyklonálna protilátka označená fluorescenčnou značkou (FITC). Postup testu zahŕňa:
- Príprava riedení: Pripraví sa sada dvojnásobných riedení protilátky v pufri IF.
- Aplikácia na sklíčka: Podložné sklíčka sa uložia na vlhký papier a jamky sa úplne pokryjú riedeniami protilátky.
- Inkubácia: Sklíčka sa inkubujú pri teplote 37 stupňov C počas 30 minút.
- Premývanie: Sklíčka sa opatrne opláchnu tlmivým roztokom IF a potom roztokom IF-Tween a nakoniec tlmivým roztokom IF.
- Aplikácia konjugátu FITC: Sklíčka sa pokryjú riedením konjugátu FITC.
- Inkubácia: Sklíčka sa inkubujú v tme pri teplote 37 stupňov C počas 30 minút.
- Pozorovanie: Sklíčka sa pozorujú pod fluorescenčným mikroskopom pri zväčšení 500 až 1 000.
Pozitívny výsledok sa prejaví prítomnosťou buniek s charakteristickou morfológiou Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus pri rovnakom riedení protilátky ako u pozitívnej kontroly.
FISH test (fluorescenčná in situ hybridizácia)
FISH test je ďalší skríningový test, ktorý sa používa na detekciu Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus. Tento test využíva fluorescenčne značené sondy, ktoré sa viažu na špecifické sekvencie DNA baktérie. Postup testu zahŕňa:
Prečítajte si tiež: Charakteristika odrôd uhoriek
- Fixácia: Vzorky sa fixujú pomocou formaldehydu alebo etanolu.
- Hybridizácia: Vzorky sa hybridizujú s fluorescenčne značenými sondami.
- Premývanie: Vzorky sa premývajú, aby sa odstránili neviazané sondy.
- Pozorovanie: Vzorky sa pozorujú pod fluorescenčným mikroskopom.
Pozitívny výsledok sa prejaví prítomnosťou fluorescenčných buniek s charakteristickou morfológiou Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus.
PCR test (polymerázová reťazová reakcia)
PCR test je vysoko citlivá metóda na detekciu Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus. Používajú sa validované činidlá a protokoly PCR na amplifikáciu cieľovej DNA. Postup testu zahŕňa:
- Extrakcia DNA: DNA sa extrahuje zo vzoriek pomocou rôznych metód.
- Amplifikácia: Cieľová DNA sa amplifikuje pomocou PCR.
- Detekcia: Amplifikované produkty sa detegujú pomocou elektroforézy v géli.
Pozitívny výsledok sa prejaví prítomnosťou špecifického produktu PCR.
Izolácia na médiu a test patogenity
Izolácia Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus na selektívnom médiu je dôležitá pre potvrdenie prítomnosti baktérie a pre testovanie patogenity. Test patogenity sa vykonáva na rastlinách baklažánu (Solanum melongena). Postup testu zahŕňa:
- Inokulácia: Rastliny baklažánu sa inokulujú suspenziou baktérie.
- Inkubácia: Rastliny sa inkubujú pri teplote 18 až 24 stupňov C.
- Pozorovanie: Rastliny sa pravidelne sledujú na prítomnosť symptómov.
Pozitívny výsledok sa prejaví prítomnosťou symptómov baktériovej krúžkovitosti na rastlinách baklažánu.
Prečítajte si tiež: Kreslenie pre začiatočníkov a pokročilých
Preventívne a kontrolné opatrenia
Prevencia a kontrola baktériovej krúžkovitosti zemiaka zahŕňa:
- Používanie certifikovanej sadby: Používanie certifikovanej sadby je základným preventívnym opatrením.
- Striedanie plodín: Striedanie plodín pomáha znižovať riziko infekcie.
- Hygienické opatrenia: Dôkladné čistenie a dezinfekcia nástrojov a pracovných priestorov pomáha zabrániť šíreniu baktérie.
- Odstraňovanie infikovaných rastlín: Odstraňovanie infikovaných rastlín pomáha obmedziť šírenie choroby.
- Chemická ochrana: V prípade potreby sa môže použiť chemická ochrana.
Nariadenia a opatrenia
Ministerstvo pôdohospodárstva Slovenskej republiky vydáva nariadenia a opatrenia na kontrolu a eradikáciu baktériovej krúžkovitosti zemiaka. Tieto nariadenia zahŕňajú:
- Prieskumy: Vykonávanie prieskumov na zistenie výskytu baktérie.
- Oznámenia: Oznámenia o výskyte baktérie.
- Opatrenia v prípade kontaminácie: Opatrenia v prípade kontaminácie, ktoré zahŕňajú likvidáciu kontaminovaných hľúz a rastlín, čistenie a dezinfekciu, a obmedzenia pestovania hostiteľských rastlín.